PubMedを日本語で検索: 日本語で質問、PMID付きで回答

PubMedとは

PubMedは、米国国立医学図書館(NLM)の国立生物工学情報センター(NCBI)が運営する、生物医学文献の無料検索エンジンです。約4,000万件の文献を収録し、その大部分はMEDLINE(MeSHで索引付けされたデータベース)に由来します。残りはPubMed Central(全文の無料アーカイブ)やNCBIの書籍などです。各論文には、タイトル、著者、抄録、PMID(論文ごとの固有番号)、全文がある場合はそのリンクが表示されます。

検索は無料で、登録も不要です。無料のNCBIアカウントを作ると、検索式の保存や新着論文のメール通知が使えます。

PubMedの使い方: 日本語の疑問を検索式にする3ステップ

PubMedは英語で索引付けされているため、「心不全」「心筋梗塞」と日本語で入力しても、ほとんど結果は出ません。うまく検索するには、次の3ステップで考えます。

1. 質問を概念に分ける。 たとえばPICOに沿って、対象(心不全の高齢者)、介入(SGLT2阻害薬)、比較(プラセボ)、アウトカム(入院)に分けます。
2. それぞれの概念を英語にして、MeSHを探す。 「心不全」はHeart Failure、「SGLT2阻害薬」はSodium-Glucose Transporter 2 Inhibitorsです。
3. ブール演算子で組み合わせ、フィルターをかける。

できあがる検索式は、たとえば次のようになります。

("Heart Failure"[mh]) AND ("Sodium-Glucose Transporter 2 Inhibitors"[mh] OR empagliflozin[tiab] OR dapagliflozin[tiab]) AND hospitalization[tiab]

MeSHの調べ方と使い方

MeSH(Medical Subject Headings)は、米国国立医学図書館の統制語彙です。MEDLINEの論文には、専門の索引担当者がいくつかのMeSHを付けています。MeSHは上位の概念から下位の概念へ木構造で整理されており、一つのMeSHが同義語や表記の揺れ、より狭い概念までまとめてくれます。Myocardial Infarction[mh]で検索すれば、「heart attack」と書かれた論文も拾えます。

適切なMeSHを見つけるには、PubMedのメニューからMeSHデータベースを開き、英語の用語で検索して、定義と関連語(Entry Terms)を確認します。日本語からMeSHを探したいときは、日本語の検索語をMeSHに変換してくれる国内の検索サービスも役立ちます。

よく使うタグは次の3つです。

• [mh]: MeSHで検索し、木構造でその下にある狭い概念も自動的に含めます。
• [majr]: そのMeSHが論文の主要なテーマになっているものだけに絞ります。結果が多すぎるときに便利です。
• [tiab]: タイトルと抄録の語句を検索します。まだMeSHが付いていない新しい論文を拾うのに欠かせません。

実際の検索では、「MeSH OR タイトル・抄録の自由語」の組み合わせがよく使われます。

検索式の作り方: AND・OR・NOT

ブール演算子は大文字で入力します。

• AND は絞り込み: 両方の概念を含む論文。asthma AND children
• OR は拡張: どちらかを含む論文。同義語に使います。(adolescent OR teenager)
• NOT は除外: asthma NOT "occupational asthma"。関連する論文まで落とすことがあるので、慎重に使います。

ほかにも次の書き方を覚えておくと便利です。

• ダブルクォーテーション でフレーズ検索: "heart failure"
• アスタリスク で前方一致: randomi* で randomized、randomised、randomization を検索
• 括弧 でまとめる: (A OR B) AND C
• Advanced Search では検索履歴が表示され、番号で組み合わせられます(#1 AND #2)。概念ごとに検索してから組み合わせると、検索式を整理しやすくなります。

PubMedのフィルター

検索結果の左側にあるフィルターで、結果を絞り込めます。臨床でよく使うのは次のものです。

• Article type: Clinical Trial、Randomized Controlled Trial、Meta-Analysis、Systematic Review、Review、Practice Guideline
• Publication date: 直近1年、5年、10年、または任意の期間
• Text availability: Free full text で、無料で全文を読める論文だけを表示
• Language: 日本語の論文に絞ることもできます(検索式に japanese[la] と書いても同じです)
• Species、Sex、Age: たとえば Humans、Aged: 65+ years

研究デザインや年齢のフィルターはMEDLINEの索引に基づいているため、索引付け前のごく新しい論文は外れることがあります。

Clinical Queries

Clinical Queriesは、臨床の疑問に合わせたPubMedの検索ツールです。病因、診断、治療、予後、臨床予測ルールのカテゴリーごとに、検証済みの検索フィルターを適用します。感度重視(広く拾う)と特異度重視(狭く絞る)を選べます。PubMedのトップページのツール欄から使えます。

「この治療は効くのか」という疑問から、答えるのに適したデザインの研究一覧へ最短でたどり着く方法です。

日本語の検索サービスとの組み合わせ

PubMedを日本語で使うためのサービスは、国内にもいくつかあります。Bibgraph(ヒポクラ × マイナビ)は日本語の検索語をMeSHに自動変換し、エビでやんす(メディカルトリビューン)は抄録の日本語要約を表示し、PubMed CLOUD(ケアネット)は日本語のキーワードを英語に翻訳して検索します。それぞれの特徴は「医学論文検索AI 8選」で比較しています。

日本語で質問して、PMID付きで回答を得る

検索式を自分で組み立てるには時間がかかります。Wysorでは、臨床の疑問を同僚に尋ねるように日本語で入力します。たとえば「エンパグリフロジンは高齢者の心不全入院を減らしますか?」と質問すると、WysorがMeSHとブール演算子に置き換え、PubMedの約4,000万件の論文とEurope PMCの約1,000万件のオープンアクセス全文を検索し、日本語で回答します。

• 記述ごとに出典が付きます。 PMIDと論文へのリンクがあるので、ワンクリックで確認できます。
• フィルターは文章で指定できます。 「RCTのみ」「2020年以降のレビューのみ」「日本語の論文のみ」
• 撤回論文にはフラグが付きます。
• 全文の中まで検索します。 抄録に載っていない方法や数値も探せます。

調べた論文の翻訳や要約、抄録の下書き、学会発表の準備も、同じ画面で続けて行えます。

OpenEvidenceとの違いや併用の考え方は「OpenEvidenceは日本で使える?」にまとめています。

EU内でホスティング、入力は学習に使われません

WysorはEU内(AWSフランクフルト)でホスティングされ、モデル提供事業者とはゼロデータリテンションで接続しています。入力が学習に使われることはありません。Wysorはエビデンスを探し、理解するための道具であり、診断は行わず、医師の判断に代わるものではありません。医師向けのほかの機能は「医師・医療従事者向けWysor」でご覧いただけます。